A FAHUB foi criada em 2001, para atender aos anseios dos médicos e professores que atuam no Hospital Universitário de Brasília. Tem o objetivo de angariar recursos, administrar projetos de pesquisa e também, auxiliar os programas de saúde desenvolvidos no hospital. Desta forma trabalha, mesmo que indiretamente, no sentido de trazer benefícios tanto aos programas, quanto aos projetos. Para que fosse possível a sua criação, foi preciso que o Ministério Público recebesse um encaminhamento com aproximadamente 88 (oitenta e oito) assinaturas de médicos e funcionários do Hospital, solicitando a autorização para que a FAHUB pudesse funcionar. A missão da Fundação é principalmente de prestar assistência e apoiar as atividades de ensino, de pesquisa, de extensão voltada à saúde e que sejam desenvolvidos no Hospital, além de promover o seu desenvolvimento científico e tecnológico. Entre as suas atividades, destacam-se as de convênios e contratos com empresas e instituições de assistência à saúde, de seguro saúde e de assistência social.